La Comisión Nacional como máxima autoridad,  es la que define las políticas generales de acción y está integrada por 15 organismos e Instituciones públicas y privadas.

Cada institución miembro de la CONEANFO, designa un representante para participar en las decisiones institucionales a nivel de consejo interno. Los miembros son convocados mensualmente para dar seguimiento a las acciones institucionales de la comisión.

A continuación podrá conocer de cerca las instituciones que conforman La Comisión Nacional:

• Secretaría Técnica y de Cooperación Internacional, SETCO 
• Secretaría de Estado en el Despacho de Educación, SE
• Instituto Nacional de la Mujer, INAM
• Instituto Nacional de Formación Profesional,INFOP
• Asociación de Municipios de Honduras, AMHON    
• Consejo Nacional de la Empresa Privada, COHEP
• Pequeña y Mediana Empresa
• Confraternidad Evangélica de Honduras, CEH
• Asociación Hondureña de la Juventud, ACJ
• Federación de Organizaciones Privadas para el Desarrollo de Honduras, FOPRIDEH
• Proyecto Aldea Global            
• Programa de Educación Básica Integral Campesina, PEBIC
• Asociación Cristiana de Desarrollo Integral, ALFALIT
• Pastoral Educativa de la Iglesia Católica
• Accción Cultural Popular Hondureña, ACPH